Cuando una empresa deja de pertenecer al S&P 500, simplemente es reemplazada por otra que cumple mejor con los requisitos del índice.
Los ETFs que replican el S&P 500, como SPY, venden automáticamente las acciones de la empresa que sale y compran las de la nueva que entra, para seguir reflejando el índice.
Como inversionista en un ETF, no tienes que hacer nada: el fondo se encarga de estos cambios por ti.